Обучение в аспирантуре Академического университета осуществляется с 2006 года. По результатам защиты магистерской диссертации часть студентов, как выпускников Академического университета, так и пришедших к нам выпускников других вузов, продолжает обучение, реализуя заявленный университетом принцип: обеспечение непрерывного образования от школы до аспирантуры.
В аспирантуре осуществляется подготовка кадров высшей квалификации по следующим специальностям:
1.3.2. Приборы и методы экспериментальной физики;
1.3.8. Физика конденсированного состояния;
1.3.11. Физика полупроводников;
1.5.6. Биотехнология.
По результатам освоения образовательной программы аспиранты должны представить на итоговую аттестацию диссертацию на соискание ученой степени кандидата наук.
С 2025 года в Академическом университете действует Диссертационный совет по научным специальностям:
1.3.8. Физика конденсированного состояния.
1.3.11. Физика полупроводников.
